世界最大的體育盛會「WSG -World Sports Games-」將在東京舉辦。日本為配合開幕式慶祝，結合日本所有尖端技術，世界首創最高時速1000km的「真空超電導新幹線」將在新名古屋站和東京新建成的芝濱站之間開通。
在世人目光的注視下，知名大會贊助商彙集的會場遇到突發事件，企業老闆相繼被綁架。在背後監視這起事件的赤井秀一，以及等待赤井指令的FBI成員們的身影。根據柯南的推理，與15年前的...
據說在十九世紀末世間最大的藍寶石「紺青之拳」與海盜船一同沉入新加坡海域，被新加坡富豪陳仲翰成功打撈，並舉辦仲翰盃空手道比賽，將「紺青之拳」鑲在冠軍腰帶上作為獎品。
這時在濱海灣金沙酒店，劉里昂和陳雪琳談判破裂後，陳雪琳從電梯走出，在購物商場被發現遭人刺殺，接著她停在地下室的車子也遭人引爆，導致金沙酒店裡停電造成恐慌，而劉里昂卻留在屍體旁。後來在陳雪琳搭過的電梯裡，也發現沾了血的基德預告信。這時魚...
高峰會前週國際會議廳爆炸，疑似瓦斯外洩，發現高壓電線被動手腳，而燒焦指紋是毛利小五郎的，還在他的電腦找到證物，於是立即被捕。後來發現是犯人駭入IOT電鍋引爆，這時接連又發生了各種事件，東京發生電器短路失控，接著天鵝號太空艙又遭入侵，墜落地點是警視廳，需要密碼解開，警方立刻疏散民眾。
柯南推理出犯人是日下部，騙日下部說出了密碼，卻無法改航道。柯南的合作者遙控無人機夾帶炸彈上天引爆成功改變航道，結果...
一天早上，皋月會會員矢島俊彌觀看著往年皋月杯決賽的錄影帶。這時有人手持武士刀進入矢島的房間，用刀鞘將矢島擊斃，鮮血四濺，矢島身旁的歌牌也散落一地。當天下午，江戶川柯南、毛利蘭和少年偵探團陪著毛利小五郎到大阪日賣電視台與皋月會會長阿知波研介會談。在阿知波會長前來前，眾人先觀看高中生皋月杯的彩排，由改方學園的枚本未來子對上泉心高中的大岡紅葉。同是改方學園歌牌社成員的遠山和葉也在現場，而她的青梅竹馬兼高...
電影描述在某個漆黑的夜晚，日本警察內部遭到間諜入侵。間諜企圖竊取英國的MI6、德國的BND與美國的CIA甚至FBI的機密資料，在千鈞一髮之際被安室透率領的公安警察發現。間諜只好搶車逃走，在高速公路上與安室展開競速追逐，在險些波及其他車輛而釀成重大事故的瞬間，間諜的車被FBI的赤井秀一的來福槍子彈擊中，並從公路上墜落。隔天，柯南等人到改建後盛況空前的東都水族館遊覽。
在作為特色景點的大型摩天輪下，...
梵谷名畫《向日葵》被發現[a]，並將在紐約拍賣，然而在《向日葵》的發現地卻發生了殺人事件[4][5]。
以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（註：以現實中634米的東京晴空塔為原型）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。
柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。「從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！」柯南馬上...
相關故事，請見魯邦三世VS名偵探柯南。
滿月之夜的鑽石偷盜事件，怪盜基德擺脫了警察的包圍網，華麗地逃走了。江戶川柯南在獨自追捕基德時，遭遇了石川五右衛門的襲擊。柯南方才明白是魯邦三世假扮基德犯案，而這次的對手將是魯邦三世。
魯邦三世之後將目標轉向「幻之秘寶」櫻桃藍寶石。收到魯邦三世預告函的目暮十三等人，迎來了魯邦三世潛入搜查官錢形幸一，他們開始合力抓捕魯邦三世。魯邦三世則在寶石順利得手後，聽從...
全國緊急事情發生！
「緊急接近下！這艘船可能放置了爆破物……」京都舞鶴港灣的晨曦，出現了一艘身分不明的船隻，遺留在船上的檔案及物品經查發現全部皆非來自日本國內。此一新聞的報導，讓日本全國陷入恐慌。
突然遇襲的日本海上護衛艦「神盾艦」！
柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然...
毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。「藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……」——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻...
